«У Алмазбека Атамбаева, как и у любого из нас, есть свои недостатки.[…] Я знаю Атамбаева с 2007 года. В части защиты интересов страны и ненависти к коррупции он принципиален. Все политики, которые дружили с ним, предали его. В 2013 году я писал заявление об уходе, однако, разобравшись, Атамбаев извинился передо мной. Мы всегда с ним ругались, и это могут подтвердить свидетели».
Такое заявление бывший премьер-министр сделал в суде по делу о коррупции при модернизации ТЭЦ Бишкека. Исаков — один из обвиняемых по этому делу. По версии следствия, он лоббировал китайскую компанию ТВЕА для проекта по модернизации ТЭЦ. Сам Исаков не признает себя виновным.
По словам адвоката Исакова Нурбека Токтакунова, в одном из обвинений против его подзащитного в качестве мотивов указаны «стремление угодить главе государства» и «карьерные побуждения». Своим высказыванием Исаков пытался это опровергнуть.
Сапар Исаков — ближайший соратник бывшего президента Алмазбека Атамбаева. Он занимал должность премьер-министра, когда Атамбаев возглавлял страну.
После того, как на пост президента пришел преемник Атамбаева — Сооронбай Жээнбеков — Исакова сняли с должности и посадили в СИЗО. Под стражей оказались и другие соратники Атамбаева.
Дело Исакова и других соратников бывшего президента стало знаком того, что существует серьезный конфликт между Жээнбековым и Атамбаевым. Позже стало понятно, что ссора между бывшим и нынешним президентом началась почти сразу после выборов в 2017 году.
Этот конфликт привел к задержанию Атамбаева и обвинению его в коррупции и других преступлениях. Сейчас бывший президент также находится в СИЗО.